Služby a infraštruktúra

Výskumným tímom ponúkame odbornú spoluprácu pri plánovaní a realizácii genomických projektov. Laboratórne skúsenosti prepájame so sekvenačnými technológiami, bioinformatickým vývojom a správou dát. Konkrétny rozsah analýz a spôsob spolupráce dohadujeme podľa výskumnej otázky a charakteru materiálu.

Návrh experimentu a laboratórne spracovanie

Pomáhame s výberom sekvenačného prístupu, návrhom analytického postupu a požiadavkami na vzorky a metadáta. Spolupráca môže zahŕňať:

●       prípravu nukleových kyselín;

●       kontrolu kvality;

●       prípravu sekvenačných knižníc;

●       nadväzujúce vyhodnotenie.

Včasná konzultácia pomáha zosúladiť výskumný cieľ s dostupným materiálom, rozpočtom a plánovanou analýzou.

Sekvenovanie a genomické analýzy

Využívame sekvenačné technológie prvej, druhej a tretej generácie. Krátke a dlhé čítania umožňujú riešiť odlišné typy úloh od analýzy genetických variantov a cirkulujúcej DNA po charakterizáciu mikrobiálnych genómov a komunít. Vhodnú technológiu a požadovanú hĺbku sekvenovania volíme podľa cieľa projektu.

Bioinformatika a interpretácia

Zabezpečujeme spracovanie sekvenačných dát a vývoj analytických postupov podľa potrieb projektu. Oblasti spolupráce zahŕňajú:

●       kontrolu kvality a mapovanie čítaní;

●       analýzu genetickej variability;

●       mikrobiálne analýzy;

●       vyhodnocovanie vlastností cfDNA.

Výstupy pripravujeme tak, aby boli zrozumiteľné pre odborných partnerov a nadväzovali na biologickú otázku.

Výpočtové prostredie a správa dát

Laboratórne činnosti dopĺňa serverová a dátová infraštruktúra pre spracovanie genomických súborov. Rozvíjame dokumentované a verzované workflows, evidenciu metadát a riadenie prístupu.

Rozvoj federovaných služieb

V spolupráci s partnermi smerujeme k lepšiemu prepojeniu národných a európskych dátových a výpočtových kapacít. Rozvíjané federované prístupy majú umožniť analýzu dát v prostredí ich uloženia a obmedziť potrebu presúvať rozsiahle alebo citlivé súbory. Súčasťou tohto smerovania je štandardizácia dát, metadát a analytických postupov.

Ako začať

Pri prvom kontakte  nám stručne predstavte:

●       výskumnú otázku;

●       typ a predpokladaný počet vzoriek;

●       dostupné dáta;

●       požadovaný termín.

Spoločne navrhneme ďalší postup a rozsah spolupráce.