Spolupráca výskumných infraštruktúr

Ako súčasť slovenského národného uzla ELIXIR rozvíjame spoluprácu s komplementárnymi výskumnými infraštruktúrami:

●       ELIXIR – nástroje, workflows, dátové štandardy a vzdelávanie

●       BBMRI.sk – biologické vzorky a súvisiace klinické údaje

●       EATRIS-SK – translačný medicínsky výskum a prepájanie základného výskumu s klinickými aplikáciami.

●       SLOVACRIN – príprava a podpora akademických klinických skúšaní a medzinárodného klinického výskumu.

●       EOSC – dátové a výpočtové kapacity, interoperabilita a federovaná analýza.

Spoluprácu potvrdzujú dve memorandá:

●       medzi ELIXIR NODE SK, BBMRI.sk, EATRIS-SK a SLOVACRIN o prepájaní biomedicínskych výskumných infraštruktúr (memorandum z 23. 9. 2026).

●       s CVTI SR o budovaní uzla EOSC SK

Akademická klinická a priemyselná spolupráca

Spolupracujeme s akademickými, klinickými a technologickými pracoviskami pri vývoji metód a ich overovaní. Spolupráca s priemyselnými partnermi prepája výskumnú a translačnú expertízu. Národné partnerstvá dopĺňajú medzinárodné kontakty a spoločné publikácie, ktoré rozširujú možnosti výskumu a overovania výsledkov.

Vzdelávanie a vedecká komunita

Organizujeme a spoluorganizujeme odborné kurzy, workshopy a vedecké stretnutia. Praktické vzdelávanie prepája laboratórnu prácu s bioinformatikou; konferenčné aktivity vytvárajú priestor na odbornú diskusiu a nové spolupráce. Informácie o pripravovaných podujatiach zverejňujeme prostredníctvom komunikačných kanálov Vedeckého parku UK.

 

Realizované projekty

Medzinárodné infraštruktúry

ELIXIR Slovakia — od 15.12.2025. | Koordinátor slovenského národného ELIXIR uzla |  Distribuovaná infraštruktúra prepájajúca biologické dáta, bioinformatické nástroje, služby a vzdelávanie.

Medzinárodné projekty

FORGENOM II — 01.05.2024 – 30.04.2027 | 101160008. Rozvoj výskumného profilu UK v genomike, bioinformatike a proteomike prostredníctvom spolupráce so zahraničnými inštitúciami.

PANGAIA — 01.01.2020 – 31.10.2025 | 872539. Skúma grafové reprezentácie súborov genómov ako alternatívu ku klasickým sekvenčným reprezentáciám.

ALPACA — 2021–2024 | 956229. Výskum výpočtových postupov pre pangenómy spojený s prípravou novej generácie výskumníkov.

BY-COVID — 01.10.2021 – 30.09.2024 | 101046203. Európska spolupráca v oblasti dostupnosti a prepájania dát o infekčných chorobách.

Národné projekty a aktivity

GenSafe — 07/2025 – 12/2029 | 401101C603. Prepája genomické dátové zdroje humánnej, potravinovej a environmentálnej oblasti s dôrazom na patogény a AMR.

DIGI-PATH — 03/2024 – 08/2026 | 09I05-03-V02-00059. Rozvoj systému využívajúceho genomické údaje o ľudských patogénoch.

EXAMINER-FM — 01/2025 – 06/2026 | 09I01-03-V04-00085. Dodatočná podpora výskumu nadväzujúca na zdroje získané v európskych rámcových programoch.

BLAC-GPRO — 01.05.2024 – 30.06.2026 | 09I03-03-V03-00046. Výskum genetickej variability nádorov močového mechúra.

Národné sekvenovanie COVID-19 — 2022–2024. Genomický dohľad nad variantmi SARS-CoV-2 s laboratórnym sekvenovaním, dátovým spracovaním a národným informačným systémom.

PreveLynch — 01/2020 – 06/2023 | 313011V578. Výskum výskytu Lynchovho syndrómu a prevencie súvisiacich nádorov v slovenskej populácii.

SANET / SANET2 — 06/2020 – 06/2023 | 313011W988. Výskum využitia sieťovej infraštruktúry; v podklade tímu uvedené efektívne spracovanie rozsiahlych špecifických dát.

PanClinCov — 09/2020 – 06/2023 | 313011ATL7. Spája charakterizáciu vírusového genómu s analýzou ľudského exómu pri infekcii.

LISPER — 09/2019 – 06/2023 | 313011V446. Integrovaný prístup k personalizovanej medicíne pri vybraných nádoroch.

Projekty APVV

GenoMicrosat 2 — 01.09.2025 – 31.08.2029 | APVV-24-0284. Nadväzujúci vývoj analýzy STR z moderných sekvenačných dát vrátane veľkých WGS súborov a komplexných lokusov.

GESTALT — 01.03.2025 – 30.06.2028 | VV-MVP-24-0290. Prepojenie analýzy dedičných a nádorových mutácií pri Lynchovom syndróme.

INHALE — 01.07.2024 – 30.06.2027 | APVV-23-0520. Skúma kondenzát vydychovaného vzduchu ako materiál pre genomické vyšetrenie rakoviny pľúc a využitie strojového učenia.

DoHumNA — 01.07.2024 – 30.06.2027 | APVV-23-0601. Vývoj deplečného kitu na oddelenie ľudskej DNA zo zmesí s patogénnou DNA; zahŕňa aj náročné a fragmentované vzorky.

INCAM — 01.07.2022 – 30.06.2026 | APVV-21-0296. Výskum biomarkerov súvisiacich s návratom kolorektálneho karcinómu po odstránení metastáz.

DRPGE — 01.07.2022 – 30.06.2026 | APVV-21-0210. Základný výskum vzťahu opravy DNA a regulácie génovej expresie v kvasinkovom modeli.

GenoMicrosat 1 — 01.07.2019 – 30.06.2023 | APVV-18-0319. Vývoj postupov na analýzu krátkych tandemových repetícií (STR) v sekvenačných dátach. Modelové aplikácie zahŕňajú dedičné expanzné ochorenia a Lynchov syndróm.

NECROCOV — 2020 – 2022 | PP-COVID-20-0051. Výskum príčin úmrtí pri COVID-19 so zapojením genomickej analýzy.

Dbl2 — 07/2019 – 06/2022 | APVV-18-0219. Základný výskum regulácie a udržiavania genómu v kvasinkovom modeli.

Winezymes — 01.07.2017 – 30.06.2020 | APVV-16-0264. Skúma využitie mikrobiálnej komunity pri optimalizácii fermentácie vína.

NEXTVIR — 01.07.2016 – 30.06.2019 | APVV-15-0232. Rozvoj metodiky sekvenovania a bioinformatického hodnotenia vírusov v hostiteľských vzorkách.